党的"十六大"以来，党和国家高度重视自然保护工作。党和国家领导人多次参加与自然保护有关的活动，以不同形式对我国的生态建设和保护提出了新的要求，并对国际社会作出庄严承诺，有力提升了我国负责任大国的国际形象。作为我国生物多样性保护的主体管理部门，国家林业局党组高度重视自然保护工作。赵树丛局长、印红副局长等领导多次亲临保护工作现场检查指导工作，多次对生物多样性保护工作作出重要指示和批示，多次亲自组织研究生物多样性保护工作，为自然保护工作科学、健康发展，指明了方向。十年来，在国家实施一系列生态建设重大工程的有利形势下，全国野生动物保护显著加强。安排了近2000个项目加强朱鹮、虎、豹、金丝猴、长臂猿等160多种珍稀濒危野生动物野外种群及其栖息地监测和保护，60%以上的珍稀濒危野生动物野外种群稳中有升，还建立、完善各类野生动物救护繁育基地250多处，200多种珍稀濒危野生动物建立了稳定的人工种群，并不断扩大，为野化放归，重建和恢复野外种群奠定了基础。其中，朱鹮从2002年的约500只发展到1800多只，扬子鳄从2002年约8000条发展到14000条以上。实施了朱鹮、梅花鹿、麋鹿、黄腹角雉、鳄蜥等13种濒危野生动物人工繁育个体放归自然或扩大放归自然。累计环志候鸟793种300万余只。安排专项经费4600万元开展国家重点保护陆生野生动物损害补偿补助试点，促使试点区域对国家重点保护野生动物造成的损失的补偿比例，从以前的15～30%提高到90%以上，特别是对人身伤害的补偿100%到位。各级林业部门通过实施"中国保护大熊猫及其栖息地工程"等大熊猫保护项目，在四川、陕西和甘肃省大熊猫栖息范围内建立了64处自然保护区，总面积超过340万公顷，使60%的大熊猫栖息地和70%多的野外大熊猫得到有效保护，基本形成了大熊猫自然保护区网络，根据全国第三次大熊猫调查结果，我国野外大熊猫种群数量增长到1600只左右。同时，我国先后建立了四川卧龙、成都、陕西楼观台、北京等大熊猫种群繁育基地，通过科研人员艰苦攻关，成功突破了制约圈养大熊猫繁育的"发情难、配种受孕难、育幼成活难"三项关键技术，使我国圈养大熊猫种群数量达到328只，基本实现自我维持的发展目标。2012年10月11日，我国第一只经过系统野化培训的人工繁育大熊猫"淘淘"被放归到四川省石棉县栗子坪保护区内，标志着我国进入到通过圈养种群放归自然实现野生种群恢复与重建的新阶段。此外，大熊猫保护机构还出色完成了中央政府向香港、澳门和台湾赠送大熊猫的任务，并向日本、美国、奥地利、泰国、西班牙、澳大利亚、英国、法国、新加坡等国提供大熊猫开展长期合作研究，促进了我国的对外交往，增进了与世界各国人民的友谊.与此同时，野生植物保护事业也取得了很大进步。自2001年国家启动实施"全国野生动植物保护及自然保护区建设工程"，使野生植物资源破坏的势头得到遏制，苏铁、兰科等珍稀濒危野生植物的种群数量出现了上升趋势。同时，针对野生植物资源需求扩大的趋势，国家林业局制定系列政策，积极鼓励和引导野生植物资源的人工培育，使野外野生资源种群的生存压力得到一定程度的缓解。2002年珍稀野生植物培植基地有156处，现在全国已建立野生植物种质资源保存和种源培育基地500多处，收集保存了珍稀兰科植物800多种和苏铁类植物240余种以及其他多种珍稀濒危野生植物；2002年前很少进行野生植物野外回归实验，如今已有38种植物成功进行了野外回归，并于2012年启动了极小种群野生植物拯救保护工程规划的实施和第二次全国重点保护野生植物资源调查的工作。2002年以来，全国林业系统共新建自然保护区645处，不但使自然保护区数量和面积大幅增加，保护对象和范围大为扩展，而且使自然保护区基础设施明显改善，管护能力得到了极大提高。截至2011年底，全国林业系统已建立了包括森林生态系统、湿地生态系统、荒漠生态系统、野生动植物等多种类型的自然保护区2126处（其中经国务院批准的国家级自然保护区263处），总面积1.23亿公顷，约占国土面积的12.77%，其数量和面积分别占我国自然保护区的80％以上，在我国自然保护区中居主体地位。有效地保护了我国90%的陆地生态系统类型、85%的野生动物种群和65%的高等植物群落，以及全国天然林面积的20%、天然湿地面积的50.3%和30%的典型荒漠地区。此外，各地还因地制宜，建立了自然保护小区5万多处，总面积150多万公顷。与自然保护区互为补充，形成有机的保护体系。截至目前，在林业系统已初步形成了布局较为合理、类型较为齐全、功能较为完备的自然保护区网络，成为我国生态体系框架的重要组成部分，在保护野生动植物和生物多样性，维护生态平衡，改善生态环境中发挥巨大作用。这一时期，各级林业部门克服困难，创造条件，野生动物疫源疫病监测防控工作实现了"从无到有、从小到大、从弱到强"的历史性跨越，在监测站网络建设、制度建设、宣教培训、应急处置和科学研究等方面取得了一定的成绩，构建了以350处国家级监测站为主体的全国野生动物疫源疫病监测防控体系，组建了一支多元化、专兼结合、总数约15000人的工作队伍，妥善处置突发野生动物异常情况952起，有效防止了候鸟高致病性禽流感等疫情的扩散和蔓延，为保护野生动物资源和生态安全、促进经济社会发展、维护公共卫生安全做出了应有的贡献。